Santa Margherita Ligure se encuentra en el golfo de Tigullio, en la Riviera di Levante de la Liguria, a 30 km de Genova, protegida por el poderoso promontorio de Portofino.
Es un burgo encantador caracterizado por el color pastel de las fachadas pintadas de sus casas y rodeado por una naturaleza exuberante que acoge bosques de pinos marítimos que se alternan con olivar y agrios.
Parte de la comarca comunal de Santa Margherita Ligure toma parte del Parque Natural Regional de Portofino, mientras que la parte del mar delante del promontorio toma parte del Área Marina Protegida de Portofino, dos realidades muy activas en la protección y valorización del territorio.
En el Ayuntamiento de Santa Margherita Ligure existe y está preservado un LIC (Lugar de Importancia Comunitaria), propuesto por la red Naturaleza 2000 de la Liguria, para su específico interés natural y geológico. El lugar se encuentra en los fondales de los ayuntamientos de Camogli, Portofino y Santa Margherita Ligure donde se señala un hábitat particular formado por las praderas de Posidonia oceanica, barreras de Coral y cuevas semioscuras.